Efter 1 1/2 år med næsen i bøgerne har Nørden nu fået lov at prøve sin viden af. Det kommer til at ske på Marinebiologisk Laboratorium i Helsingør - og det skal nok blive spændende at se hvilket resultatet, der kan komme ud af det!
Teamet er pigment og karotenoid i cyanobakterier. Nærmere bestemt cyanobaktierien Synechococcus sp. 7002. En encellet lille alge. Kendt genom og kendte synteseveje. En rigtig lille lækkerbidsken! Der er efterhånden lavet en del arbejde på sp. 7002, og nyest er et nyt karotenoid opdaget. Det har nu fået navnet synechoxanthin. Et meget fint orange pigment. Og synechoxanthin er en sær snegl. Der sidder nemlig syre-grupper på ß-ringene i karotenoidet. Meget sært! Normalt er det alkoholgrupper. Hvad skal man mon lægge i det?
Til en start er kulturer af Synechococcus groet. Tre af slagsen faktisk. Den ene kultur har haft det skønt med masser af næring. En rigtig god algesuppe! Der har været rigeligt til at holde gode fester. Den næste har haft det som en middelklasse. Der er ikke altid råd, til alt det man har lyst til. Kun lidt kvælstof har de haft til rådighed. Stramme kår. Den sidste kultur har haft det hårdt. Kun ganske få mængder kvælstof. Det er et hårdt liv, når der skal bruges til både aminosyrer, proteiner, membraner og komplekser. Kun de bedste kan klare det, og der er ikke plads til mange! Det er da også tydeligt at se de forskellige vækstvilkår i farverne på kulturerne. Hvem mon har det bedst?
Når sådan nogle supper har fået lov at gro i to dages tid, er det tid at høste de små celler. Ja, høste er måske så meget sagt; de bliver flyttet i mindre glas. "Eppendorf-rør" kaldes de også. Sikkert opkaldt efter en gut kaldt Eppendorf. Måske der en dag findes et "Lykkebo-rør" også?
De små stakkels celler fik det hårdt, og blev centrifugeret i lang tid - og ved langt højere frekvens end en tørretumbler! På den måde kan man få alle cellerne isoleret i bunden af sit rør og suge al den overskydende væske væk. Smart! Så er det meget nemmere at arbejde med, når man skal lege den-lille-kemiker senere.
Når den-lille-kemiker skal i gang, så skal der laves solventer. I Nørdens tilfælde skulle der blandes en stærk base (25% KOH - det er noget der ætser!) og en ligeså stærk syre (18,5% HCl - det er noget ryger mens det ætser!). "Du blander jo bare i det samme forhold som står i den her artikel, og du ved jo hvor kemikalieskabet er. Så ser vi, hvad der sker", sagde Nørdens vejleder. Gylp! Hvordan var det nu lige med al det kemi og ækvivalente forhold?! At fortynde en syre? En smart person sagde engang: "En klog mand kommer syre i vand". Måske den skal omskrives til noget sjovere?
"Du får dårlig frisure, hvis du kommer vand i syre."
"Kun en myre ville komme vand i syre"
"Syre i vand, hvis du er en rigtig mand"
Bottom line: Kom altid syre i vand. Alt andet er noget pjat! Specielt når du står med ren HCl. Men Nørden var heldigvis lige blevet klippet, og ville godt beholde den pæne frisure, så der kom selvfølgelig syre i vand.
Men inden syren skulle bruges, skulle basen på banen! De stakkels små algeceller fik hældt en god portion i hovedet og røg hen på varmepladen. 1 time i 100 grader. Det må kunne gøre det. Her skal gøres en vigtig pointe: De fleste (alle) vandige opløsninger koger ved 100 grader! Her er det meget dumt at komme låg på sit eppendorf-rør, da dette kan springe op, og i tilfældet her er det ikke blot kogende vand men kogende base der vil sprutte ud over det hele. Det er ikke optimalt! Ergo: Skru varmepladen ned på 95 grader og prøv igen. Og husk denne gang de smart låse-hætter til rørene, så de ikke springer op uanset hvad. Så går det meget bedre!
Efter en times hard-core base-varme behandling så de fine mørkegrønne prøver noget anderledes ud. Et enkelt par var behandlet med en 5% NaOH opløsning, og var stadig lidt grønne og fine, men staklerne i 25% KOH havde bestemt mistet en del grøn farve! Deres chlorophyll pigmenter er blevet totalt smadret! Til Nørdens store irritation lå der dog en stor flot orange pellet i bunden af alle eppendorf-rør. For fanden da! Det er jo det orange pigment, der forsøges opløst! Hvad skal det nu sige?! Men det var ikke andet for end at fortsætte, og håbe at noget pigment dog blev opløst. For at forsøge at ekstrakthere pigmentet blev der tilføjet chloroform. Først i den basiske væske. Så burde al ß-caroten (gul farve) gå op i den øverste organiske fase, og chlorophyll og andre vandige pigmenter (synechoxanthin bl.a.) bør blive i den nederste vandige fase. Indtil videre ser det også meget fint ud:
Herefter vil man kunne neutralisere sin basiske fase med sin stærke syre. Dette burde protonisere synechoxanthin, og når man så tilføjer chloroform igen, vil det trækkes op i denne fase og man kan ekstrakthere det. Kemi er virkelig smart!
Der var desværre ikke meget farve at se i de forskellige faser, så noget tydede på, at forsøget ikke helt var forløbet som håbet. En tur i en HPLC gav da også nogle lidt underlige udslag i chromatogrammerne. Måske blev pigmentet slet ikke opløst fra cellen? Nørden prøver igen med en ny stærk base blanding, og denne gang får det lov at stå ved 95 grader i 4 timer! Prøv lige at overlev det, dumme celler! Disse prøver fik meget mere gul farve i faserne, og det er måske nogle lovende resultater! Det må man vente og se på chromatogrammer. Men der håbes på noget fornuftigt! Når de resultater kommer ind, må det næste skridt i analysen af synechoxanthin så vurderes. Det kunne jo være det blev grebet helt forkert an! Hvem ved?!
Mens Nørden ventede 4 timer på de kogende baseprøver, blev der overværet en spændende live dissektion af en hvidnæset delfin. Delfinen var skyllet op på stranden i Snekkersten, og havde ligget ude foran Øresunds Akvariet i et par uger. Nogle var efterhånden glade for, at det var tid til den dissektion! Og da Danmark er et land som er glad for nytænkende og gratis uddannelse, var alle - store som små - inviteret med til denne spændende obduktion. Og det var nu skønt at se så mange mennesker dukke op! Delfinen havde ikke noget sødt navn, hvilket nok var med til at sørge for at mediedækningen af denne "gruopvækkende handling" ikke var stor. Det var vist Helsingør Lokalblad som var talrigest i journalistantal. Ellers bestod publikummet mest af biologer fra laboratoriet, børn og bedsteforældre. Det var vist også vinterferie. Spændende var det, og lang tid tog det! Efter 2,5 time var alt efterhånden skåret væk. Skøn dag på kontoret!
Ingen kommentarer:
Send en kommentar